高新技術(shù)企業(yè)的認定是由科技部、財政部和稅務總局組成的機構(gòu)負責的。

科技部、財政部和稅務總局共同組成全國高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作領(lǐng)導小組(簡稱“領(lǐng)導小組”)，該小組的主要職責包括確定全國高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作方向、審議工作報告、協(xié)調(diào)解決重大問題、裁決重大爭議以及監(jiān)督檢查各地區(qū)認定工作等。領(lǐng)導小組下設辦公室，辦公室設在科技部火炬高技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)中心，由科技部、財政部、稅務總局相關(guān)人員組成，負責處理日常工作。

此外，各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門組成本地區(qū)高新技術(shù)企業(yè)認定管理機構(gòu)(簡稱“認定機構(gòu)”)，根據(jù)《高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法》開展下列工作：負責本行政區(qū)域內(nèi)的高新技術(shù)企業(yè)認定工作;接受企業(yè)提出的高新技術(shù)企業(yè)資格復審;對已認定企業(yè)進行監(jiān)督檢查，受理、核實并處理有關(guān)舉報等。

綜上所述，高新技術(shù)企業(yè)的認定是一個涉及多個國家級部門的協(xié)同工作流程，確保了認定工作的權(quán)威性和公正性。對于希望申請高新技術(shù)企業(yè)認定的企業(yè)來說，了解這一流程及其背后的管理機構(gòu)是非常重要的。