公司申請高新企業(yè)的方式如下：

1、網(wǎng)上申請。在高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)注冊登記，向認定機構提出認定申請;

2、網(wǎng)上申請通過以后，企業(yè)要向地方科技局提交相關申請的書面材料;

3、認定機構收到企業(yè)申請材料后，組織不少于五名專家進行評審;

4、對申請企業(yè)申報材料進行綜合審查，確定認定高新技術企業(yè)名單;

5、經(jīng)認定報備的企業(yè)名單，經(jīng)過公示10個工作日等。

高新技術企業(yè)認定需要什么材料

高新技術企業(yè)認定需要材料：

1、企業(yè)營業(yè)執(zhí)照副本、組織機構代碼證和稅務登記證書;

2、近3個會計年度的資產負債表、利潤及利潤分配表、現(xiàn)金流量表、研發(fā)費用專項結構明細表、高新技術產品收入明細表;

3、知識產權證書、知識產權獨占許可或購買的備案證明。

法律依據(jù)：《高新技術企業(yè)認定管理辦法》第十三條

企業(yè)獲得高新技術企業(yè)資格后，應每年5月底前在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”填報上一年度知識產權、科技人員、研發(fā)費用、經(jīng)營收入等年度發(fā)展情況報表。

第十六條

對已認定的高新技術企業(yè)，有關部門在日常管理過程中發(fā)現(xiàn)其不符合認定條件的，應提請認定機構復核。復核后確認不符合認定條件的，由認定機構取消其高新技術企業(yè)資格，并通知稅務機關追繳其不符合認定條件年度起已享受的稅收優(yōu)惠。