南京市高新技術企業(yè)認定的申請流程是一個系統(tǒng)化、規(guī)范化的過程，旨在支持和促進技術創(chuàng)新型企業(yè)的發(fā)展。以下是對該流程的詳細介紹：

1、自我評價：企業(yè)需要對照《高新技術企業(yè)認定管理辦法》進行自我評價，判斷自身是否符合高新技術企業(yè)的認定條件。

2、注冊登錄：企業(yè)通過“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”或相關平臺完成實名認證并登錄管理系統(tǒng)。未注冊的企業(yè)需先進行注冊登記，選擇南京市科學技術局作為注冊機構，并確保注冊地信息準確無誤。

3、提交申請：企業(yè)登錄系統(tǒng)后，進入申報界面，按要求填寫《高新技術企業(yè)認定申請書》并上傳相關附件材料(須原件掃描)。這些材料包括但不限于知識產(chǎn)權證明、科研項目立項證明、科技成果轉(zhuǎn)化證明等。

4、地方審核：南京市各區(qū)的科技主管部門會同財政、稅務部門對申報材料進行初步審核，并進行現(xiàn)場核查。對于符合條件的企業(yè)，將匯總材料報送至市級科技部門。

5、專家評審：市級科技部門將企業(yè)申報材料提交給江蘇省高新技術企業(yè)認定管理工作協(xié)調(diào)小組辦公室，由其組織專家進行評審。評審內(nèi)容涵蓋企業(yè)的創(chuàng)新能力、核心自主知識產(chǎn)權、科技成果轉(zhuǎn)化能力等方面。

6、公示：通過專家評審的企業(yè)名單將在相關網(wǎng)站上進行公示，公示期為10個工作日。

7、頒發(fā)證書：公示無異議后，由江蘇省高新技術企業(yè)認定管理工作協(xié)調(diào)小組辦公室頒發(fā)高新技術企業(yè)證書。

8、備案：獲得證書的企業(yè)還需在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”進行備案。

綜上所述，南京市高新技術企業(yè)認定的申請流程包括自我評價、注冊登錄、提交申請、地方審核、專家評審、公示、頒發(fā)證書以及備案等步驟。企業(yè)需嚴格按照要求準備和提交申報材料，并關注各環(huán)節(jié)的時間節(jié)點和具體要求以確保順利通過認定。