主要流程包括：

(1)企業(yè)進行自我評價。企業(yè)在申請高新技術企業(yè)認定之前應認真閱讀相關文件和認定標準，客觀進行自我評價。認為符合認定條件的，則可在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上進行企業(yè)注冊登記;

(2)進行網(wǎng)上注冊登記。企業(yè)登錄“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”，填寫注冊登記表，將填好的注冊登記表發(fā)至認定機構。認定機構完成企業(yè)身份確認，并將用戶名和密碼通過網(wǎng)絡告知企業(yè);

(3)企業(yè)提交認定申請。企業(yè)根據(jù)自己的用戶名和密碼進入網(wǎng)上認定管理系統(tǒng)，填寫“高新技術企業(yè)認定申請書”發(fā)至認定機構，并將規(guī)定的申請材料提交認定機構;

(4)認定機構組織認定。認定機構收到企業(yè)完整的申請材料后，組織專家審查，提出認定意見，確定認定企業(yè)名單;

(5)公示和頒發(fā)認定證書。經(jīng)認定的高新技術企業(yè)，在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公示10個工作日。公示有異議的，由認定機構對有關問題進行查實處理，屬實的應取消高新技術企業(yè)認定資格;公示無異議的，報領導小組辦公室備案，在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告認定結果，并由認定機構頒發(fā)“高新技術企業(yè)證書”(加蓋科技、財政、稅務部門公章)。